Rok po inwazji mutant�w IAS ludzko�� stoi w obliczu zag�ady. Rin Samura, pracuj�ca dla Agencji Zaawansowanych Projekt�w Badawczych Departamentu Obrony, odnajduje Gena Yukimoto, jedynego ocala�ego z masakry na wyspie Tsushima. Ch�opak odmawia jednak wsp�pracy.
Tymczasem si�y Samoobrony otrzymuj� przera�aj�ce wie�ci: IAS przypu�ci�y atak na pozosta�e wyspy Japonii.